모든 생물의 DNA 서열은 A, C, G, T 네 개의 문자로 표현된다.

두 DNA 서열이 얼마나 비슷한가를 알아내기 위하여 유사도를 측정한다.

두DNA 서열의 유사도를 측정하기 위해서 먼저 각 서열의 임의의 위치에 공백을 넣어 길이를 같게 만든다.

이렇게 길이가 같아진 두 서열 간의 점수는 다음과 같이 계산된다.

1. 같은 위치에 공백이 아닌 같은 문자가 있으면 3을 더한다.

2. 같은 위치에 서로 다른 문자가 있거나 둘 중 하나의 위치에 공백이 있으면 2를 뺀다.

두 DNA 서열의 유사도는 각 DNA 서열의 임의의 위치에 공백을 넣어 위의 방법대로 얻을 수 있는 최대 점수이다.

예를 들어 AGTCAG와 ATGTG라는 두 DNA서열의 경우 ,

<그림 1>과 같이 공백을 넣으면 점수가 3이 되고, <그림 2>와 같이 공백을 넣으면 점수는 6이 된다.

AGTCAG와 ATGTG의 경우 임의의 위치에 공백을 넣어 얻을 수 있는 최대 점수는 6이므로 AGTCAG와 ATGTG의 유사도는 6이 된다.

DNA 서열의 부분 서열은 DNA 서열 중 연속한 일부분을 추출하여 얻을 수 있는 서열을 말한다.

예를 들어 AGTCAG라는 서열에서 첫 번째 문자부터 세 번째 문자까지를 추출하면 AGT라는 부분 서열을 얻을 수 있고,

두 번째 문자부터 다섯 번째 문자까지 추출하면 GTCA라는 부분 서열을 얻을 수 있다.

두 DNA 서열에서 같은 정보를 담고 있는 부분을 찾아내는 방법 중에 하나는 두 DNA의 부분 서열 쌍 중 유사도가 가장 큰것을 찾아내는 것이다.

예를 들어 두 DNA 서열 AGTCAG 와 ATGTG의 경우 AGTCAG에서 부분 서열 AGT를 얻고,

ATGTG에서 부분 서열 ATGT를 얻으면 이 둘의 유사도는 아래와 같이 7이 된다.

두 DNA 서열을 입력받아 이들 DNA의 부분 서열 쌍 중 유사도가 가장 큰것을 찾아 그 유사도와 부분 서열 쌍을 출력하는 프로그램을 작성하시오.

DNA유사도 timer 1000초 memory 256MB

DNA유사도 1000초 256MB